县（印尼语：Kabupaten）和市（印尼语：Kota），统称为二级行政区（印尼语：Daerah Tingkat II）[12]，是省级之下的地方政府。但是县和市享有比省政府更大的下放权力。
所有的市和县是平级行政区，都有自己的地方政府和立法机关。县和市之间的不同在于不同的人口、规模和经济状况。
一般情况下县的面积比市要大，市有非农业的经济产业。每个县都有一个县长（摄政，印尼语：Bupati），市政府的首脑则为市长（印尼语：Wali kota），县长、市长以及议员由民众选举产生，任期五年。
区
主条目：行政村 (印尼)区下被分为村（desa）和社区（kelurahan），村和社区是类似的平级行政区，但是村在地方事务上拥有比社区更大的权利。有一个例外是亚齐，区被分为“巫金”（mukim），区下又分为“甘榜”（Gampong）。
村
在印度尼西亚，村（desa）有农村的含义，行政区划中，一个村可以被定义为一个按照该地区公认的传统对民众有权力的机构，村的首脑是村长（印尼语：kepala desa），由民众选举产生，直接对区长（camat）负责。
大部分印度尼西亚的村都被称为 desa，但是在某些地区也使用其他术语词汇：
甘榜（Gampong）在亚齐使用
Nagari在西苏门答腊省使用
Dusun在占碑省的邦果县使用[注 2]
甘榜（Kampung）在印尼的部分地区使用[注 3]：
Pekon在楠榜省的普林塞乌县、汤加穆斯县和西楠榜县等地使用
在巴厘省，有两种形式的村：行政村（desa dinas）和习俗村（desa adat）。行政村具备行政职能，习俗村则处理宗教和文化事务。
Lembang在塔纳托拉查县和北托拉查县等地使用
虽然村和社区（Kelurahan）都是区的一部分，不过社区的自治权限较村的更小。社区的首脑是 lurah，直接对区长（camat）负责。
下表列出了印度尼西亚目前的省、县和市的数量[14]。
| 类型（印尼文） | 类型（中文） | 政府首脑（印尼文） | 政府首脑（中文） | 数量 |
|---|
| Provinsi | 省 | Gubernur | 省长 | 34 |
| Kabupaten | 县 | Bupati | 县长（县摄政） | 405 |
| Kota | 市 | Wali kota | 市长 | 97 |
| Kecamatan（在巴布亚省和西巴布亚省是 Distrik） | 区 | Camat（在巴布亚省和西巴布亚省是 Kepala distrik） | 区长 | 6,543 |
| Desa 和 kelurahan | 村和社区 | Kepala desa/lurah | 村长/lurah | 75,244 |
